1.个人独资企业会涉及到个人和家庭的财产。股东不能证明公司资产和个人财产独立的，股东对公司债务承担连带责任。
2.企业融资难。作为个人独资公司，企业规模普遍较小，企业资金实力相对较弱。此外，如果没有合适的投资项目，企业几乎不可能获得合理的融资，企业的融资渠道普遍较窄。
3.抗风险能力差。个人独资企业一般是一个人出资的独立公司。公司的财务资源取决于投资者的个人财务资源。受公司规模和财力的影响，一般公司抗风险能力比较差，市场一有风吹草动就容易翻船。
4.企业太封闭了。由于个人独资企业是一人公司，企业的所有权力都集中在一个人身上，企业的所有决策都取决于出资人。企业的发展和选择不开放，过于封闭。
5.企业的可持续性较弱。企业创立时，一般都期望企业有强大的生命力。而个人独资企业手续简单，要求少，规模一般不大。企业中的员工主要是家属。一般来说，企业发展壮大的机会并不多。即使能暂时发展壮大，持续稳定的几率也比较小，企业的可持续发展能力较弱。
6.资金实力弱。个人独资企业一般规模小，人员少，业务单一，收入来源单一，出资相对较少，所以企业财务状况一般不强，以中小型为主。企业的盈利基数也比较小。
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